Prezidentská kancelář nechala jmenování nových rektorů na poslední chvíli. Oficiálně byli jmenováni prezidentem 29. ledna, ačkoliv jedenácti ze dvanácti nových rektorů začínalo funkční období již 1. února.
Předání jmenovacích listin 30. ledna navíc provázely zmatky. Rektoři byli nejprve telefonicky pozváni na slavnostní ceremoniál na Pražský hrad a následně bylo místo akce změněno. Necelý den před ceremoniálem se například nový rektor České zemědělské univerzity telefonicky dozvěděl, že ceremoniál na Pražském hradě byl zrušen. Že se ceremoniál bude konat v Karolinu na Univerzitě Karlově, pak zjistil až ze sdělovacích prostředků. Způsob komunikace Hradu kritizovala také nová rektorka Mendelovy univerzity v Brně. Ta uvedla, že o zrušení ceremoniálu na Pražském hradě se dozvěděla telefonicky pět nebo šest dní před samotnou akcí. O novém místu konání se však dozvěděla rovněž z tisku.
Mluvčí prezidenta k incidentu uvedl, že Hrad žádný ceremoniál neavizoval. Dodal také, že dekrety rektorům předá ministr školství, mládeže a tělovýchovy v demisi, Robert Plaga. Rektor Mikuláš Bek to okomentoval slovy „Dosud bylo předání jmenovacího dekretu rektorovi ministrem namísto prezidenta výjimečným privilegiem pro jeho kritiky. Dneškem se to očividně stává standardem vztahů univerzit a prezidenta ve druhém prezidentském období.“ Rektoři vysokých škol mají s prezidentem dlouhodobě napjaté vztahy, například z důvodu Zemanova přístupu ke svým kritikům z jejich řad.
Prezident jmenuje rektory podle § 10 odst. 2 zákona č. 111/1998, o vysokých školách.